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林芝站有三趟始发列车，也是拉林铁路的终点站，站台规模三台六线，2021年正式开通运营，也是西藏通火车的五个城市之一，另外4个分别是首府拉萨市，日喀则市，那曲市，山南市。还有昌都市和阿里地区没有铁路和客运火车。
2021年林芝站同时开通了青藏高原上的复兴号动车组列车，同时运营K、Z、C三种不同席位的车次，时速越来越快。
K9802次列车，林芝站下午16:20开拉萨站，21:32到，中途停靠米林、朗县、加查、桑日、山南、扎囊、贡嘎等站，列车运行时间5小时12分。
Z9802次列车，林芝站早上8:15开，仅停靠山南站，于12:06到达拉萨。
C882次列车，林芝站中午12点开，途经朗县、加查、山南、拉萨站15:42到。
林芝站至拉萨站的铁路，现状是单线铁路，预计2025年将开工建设改造为双线铁路，在中途不再进行对向必要行车，提升运输效率，进一步缩短乘坐时间，快速的往返山南、拉萨等城市。
林芝站往东的川藏铁路正在加快建设当中，预计2030年以后有望建成开通。未来林芝有望开行东至成都、重庆、上海，南至昆明、广州、深圳，北至西安、北京等国内大城市，林芝市的交通条件，由原先的偏远山区十分闭塞，像现状东西向铁路联通的快速转变，进一步促进林芝当地的发展与建设。
